Katolički bogoslovni fakultet u Đakovu u sastavu Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku nastavlja tradiciju studija filozofije i teologije u biskupskom gradu Đakovu dugu gotovo dva stoljeća. Biskup Antun Mandić je, naime, 6. studenoga godine 1806. otvorio u zgradi nekadašnjeg franjevačkog samostana Bogoslovno sjemenište i Lyceum episcopale. Uz velike teškoće osnovan je najprije studij filozofije, koji su, iako je osnovan i uvijek ostao biskupski zavod (kao i cjelokupan Lyceum episcopale) počeli pohađati ne samo mladići, svećenički kandidati, nego i veći broj svjetovnih đaka i to ne samo iz Slavonije, nego i iz daljih krajeva, npr. iz južne Ugarske.

Studij teologije u Đakovu odgovarao je ondašnjim propisima. Potpunim teološkim studijem smatrao se onaj licej koji je imao četiri sistematizirana profesorska mjesta i isto tako četiri ispitana i odobrena profesora, što je Lyceum episcopale u Đakovu imao. Takav model studija bio je na snazi do reforme 1849., odnosno 1850. godine kad je ministar kulta i nastave grof Leo Thun donio zakon o reorganizaciji školstva, po kojoj je filozofijski odsjek postao gimnazija. Ta se reforma poklapa s imenovanjem Josipa Jurja Strossmayera za đakovačkoga biskupa 1849., koji je odmah filozofski studij dao prilagoditi učevnoj osnovi 7. i 8. razreda gimnazije, dodavši neke predmete iz filozofije. Osim toga Strossmayer se kroz 22 godine (1853.-1875.) brinuo i za studij i uzdržavanje franjevačkih bogoslova iz provincije Bosne Srebrne. Thunova reforma školstva ostaje na snazi sve od apostolskog pisma Pape Pija XI. "Deus scientiarum Dominus" 1931. Tada je filozofsko-teološki studij produžen na pet godina, a škola je dobila ime Visoka bogoslovna škola (VBŠ).

Duh obnove Drugoga vatikanskog sabora uvodi nove predmete, dolazi generacija novih profesora, a model školovanja je najviša teološka ustanova u Hrvata, Katolički bogoslovni fakultet u Zagrebu (KBF). Prema njegovom Statutu izrađen je 1974. i Statut VBŠ u Đakovu. Odlukom profesorskog zbora VBŠ i molbom dijecezanskog biskupa te KBF Kongregaciji za katolički odgoj odobrena je afilijacija KBF-u u Zagrebu, 10. siječnja 1987.

Povratkom Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Zagrebu u državno Sveučilište i VBŠ doživljava određene reforme, pa je tako 1994. uslijedila i promjena imena. Visoka bogoslovna škola mijenja naziv u Teologija u Đakovu, usklađujući nazivlje sa Zakonom o visokim učilištima Republike Hrvatske iz 1993. Statut Teologije u Đakovu, usklađen s crkvenim i državnim propisima, Statutom Sveučilišta u Zagrebu i Statutom Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Zagrebu, prihvaćen je 6. rujna 1999. godine na 7. redovitoj sjednici profesora Teologije u Đakovu. Biskupski ordinarijat u Đakovu je 16. rujna 1999. godine potvrdio Statut Teologije u Đakovu, a Fakultetsko vijeće Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Zagrebu prihvatilo je Statut Teologije u Đakovu na 1. redovitoj sjednici 29. listopada 1999. godine. Statut Teologije u Đakovu je 28. veljače 2000. godine stupio na snagu.

Nakon molbe dijecezanskog biskupa mons. dr. Marina Srakića 7. studenoga 2003. Kongregaciji za katolički odgoj u Rimu o pastoralnoj potrebi uzdignuća Teologije u Đakovu na razinu Katoličkog bogoslovnog fakulteta u Đakovu, Kongregacija je prihvatila molbu te osnovala Katolički bogoslovni fakultet u Đakovu u sastavu Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku. Prvi Statut KBF-a, odobren "ad experimentum" na pet godina od Kongregacije za katolički odgoj 4. lipnja 2005. godine, prestao je važiti 20. travnja 2010. godine. Toga datuma stupio je na snagu novi Statut KBF-a odobren od Kongregacije za katolički odgoj 25. ožujka 2010. godine.